O bit 'ALTER TABLE' deve vir primeiro e, em seguida, cada parte deve ser separada por uma vírgula:
ALTER TABLE gitags_items
DROP PRIMARY KEY,
ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT FIRST,
ADD PRIMARY KEY (id,component,tag_id,item_id);
mas não tenho certeza se você pode descartar e criar uma chave primária na mesma instrução.
