Mysql
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mysqli multi_query seguido por query


Encontrou uma solução mais rápida que economiza cerca de 2-3 segundos ao atualizar 500 registros e inserir 500 registros. 
function newSQL() {
    global $server, $username, $password, $database;
    $con = new mysqli($server, $username, $password, $database);
    return $con;
}

$mysqli = newSQL();
$mysqli->multi_query($multiUpdates);
$mysqli->close();

$mysqli = newSQL();
$mysqli->query($sqlInserts);
$mysqli->close();

Não tenho certeza de quão prático é, mas funciona bem para velocidade.