Uma subconsulta dentro de uma instrução IF não pode retornar várias colunas. Você precisará unir a subconsulta aos resultados e extrair as duas colunas separadas individualmente:
SELECT ...
IF(!ISNULL(td_doc_nr.value_string), sub.one, NULL) as one,
IF(!ISNULL(td_doc_nr.value_string), sub.two, NULL) as two
FROM ...
LEFT JOIN (
SELECT d.doc_nr, GROUP_CONCAT(product_name SEPARATOR ','),GROUP_CONCAT(DISTINCT b.msisdn SEPARATOR ',') from documents d
join document_bundles b on b.document_id = d.id
join document_products p on p.doc_bundle_id = b.id
join document_product_cstm_fields f on f.doc_product_id = p.id
join document_product_cstm_field_data fd on fd.cstm_field_id = f.id
where value_string ='auto'
group by d.doc_nr
) sub on sub.doc_nr = td_doc_nr.value_string
