UPDATE
TableName
SET
column01 = CASE column01 WHEN '' THEN NULL ELSE column01 END,
column02 = CASE column02 WHEN '' THEN NULL ELSE column02 END,
column03 = CASE column03 WHEN '' THEN NULL ELSE column03 END,
...,
column99 = CASE column99 WHEN '' THEN NULL ELSE column99 END
Isso ainda está sendo feito manualmente, mas é um pouco menos doloroso do que o que você tem porque não exige que você envie uma consulta para cada coluna. A menos que você queira se dar ao trabalho de criar um script, você terá que suportar uma certa quantidade de dor ao fazer algo assim.
Editar:Adicionado o
END s 
