Embora o mysqldump seja a causa comumente relatada para isso, não é a única.
No meu caso, executar artisan:migrate em qualquer banco de dados também acionará esse erro para diferentes bancos de dados no mesmo servidor.
http://bugs.mysql.com/bug.php?id=42041 Menciona bloqueios/flush de tabela que seriam chamados em um mysqldump, então vale a pena verificar se você tem alguma migração, bloqueio ou liberação acontecendo simultaneamente.
Falhando, tente mudar os prepara para emulados.
'options' => [
\PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => true
]
