As instruções DDL causam um commit implícito e não há nada que você possa fazer sobre isso. Não há como parar esse comportamento.
Quais instruções DDL têm esse comportamento muda ao longo do tempo, portanto, você precisa verificar sua versão.
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
Quando estamos apenas estendendo o esquema, novas tabelas/colunas/visualizações/procs/etc, que não afetarão o código existente, a automação está OK, apenas verifique se há erros e corrija-os.
Quando eles afetarem o código existente, você precisará elaborar uma estratégia caso a caso. Como não há reversão, você precisa de seu próprio plano de reversão e precisa testá-lo completamente.
Como é caso a caso, não há muito que eu possa oferecer em termos de ajuda para sua situação específica.
