Edit:verifiquei isso com o suporte técnico da AWS - as tabelas temporárias em clusters de leitor são MyISAM. Meu problema inicial envolve índices em bancos de dados MyISAM, mas vou postar isso como sua própria pergunta. A resposta da equipe do AWS RDS/Aurora segue:

Resposta inicial:Parece que o problema é com os leitores. Tabelas temporárias em procedimentos armazenados nas instâncias RDS do leitor não são InnoDB, mesmo que isso não esteja documentado em nenhum lugar e o tipo/preço da instância seja o mesmo para leitores e para o gravador. O que são exatamente eu não sei, tenho uma pergunta para a AWS sobre isso. Se eles responderem eu posto aqui.