Ok resolvi. Eu coloquei manualmente
mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar
na minha pasta SDK: file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
Erro muda de forma mais confortável:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Obrigado pelas sugestões no entanto