Execute o seguinte no console mysql, para alterar o método de criptografia de senha para a versão antiga no Mysql (é alterado para usar cha2 no Mysql 8.0)
mysql -u root -p
use mysql;
ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'newpassword';
FLUSH PRIVILEGES;
Então você deve estar livre para executar
python manage.py migrate
.