Não há necessidade de sincronizar nada,
o entityManager não é threadSafe e projetado para ser instanciado para cada unidade de trabalho e destruído logo após.
A fábrica, pelo contrário, é cara para criar e deve ser reutilizada
Consulte http://docs.oracle.com/javaee/6/ tutorial/doc/bnbqw.html "Gerentes de entidades gerenciadas por aplicativos" e https://stackoverflow.com/a/22773758/2087640