Insira valores de matriz no banco de dados em laravel

Você está inserindo no DB apenas uma resposta, a última. Além disso, você pode preparar os dados e inserir todas as respostas com apenas uma consulta:

public function store(Request $request)
{
    for ($i = 1; $i < count($request->en_answer); $i++) {
        $answers[] = [
            'user_id' => Sentinel::getUser()->id,
            'en_answer' => $request->en_answer[$i],
            'question_id' => $request->question_id[$i]
        ];
    }
    EnAnswer::insert($answers);
    return redirect('submitted')->with('status', 'Your answers successfully submitted');
}