Eles são os mesmos, mas com uma sintaxe diferente. Portanto, você não deve esperar nenhuma diferença de desempenho entre as duas sintaxes. No entanto, a última sintaxe (sintaxe ANS SQL-92) é a recomendada, veja estes para mais detalhes:

• Ruim hábitos a serem eliminados:usando JOINs de estilo antigo.
• SQL JOIN:existe uma diferença entre USING, ON ou WHERE?