Ao usar as ofertas do Amazon RDS (incluindo o Aurora), você não se conecta ao banco de dados por meio de nenhuma API da AWS (incluindo o Boto). Em vez disso, você usaria o cliente nativo do banco de dados escolhido. No caso do Aurora, você se conectaria usando o cliente MySQL Command Line. A partir daí, você pode consultá-lo como qualquer outro banco de dados MySQL.

Há uma breve seção da documentação "Introdução" que fala sobre como se conectar ao seu banco de dados do Aurora:

Conexão a um cluster de banco de dados do Amazon Aurora