Não tenho certeza, mas considere mover a condição de
WHERE condição para JOIN ON condição, pois você está executando uma junção externa (LEFT JOIN ) faz diferença no desempenho ao contrário do inner join onde a condição é em where ou join on cláusula é equivalente. SELECT COUNT(1) AS clicks
FROM clicks AS c
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00'
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');
