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Como posso fazer upload de linhas CSV individuais em diferentes tabelas em PHP?


No seu caso, a melhor solução é a mais simples, então apenas criando cinco consultas, você pode até fazer isso no loop:
$pdo = new PDO("mysql:host=127.0.0.1;dbname=yourdbname;charset=utf8", "username", "password");

if (($handle = fopen("test.csv", "r")) !== FALSE) {
    $row = 1;
    while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ",")) !== FALSE) {
        if ($row == 1) {
            $row++;
            continue;
        }
        $row++;

        foreach (['table1', 'table2', 'table3', 'table4', 'table5'] as $table) {
            $stmt = $pdo->prepare("INSERT INTO $table (name, title) VALUES (?,?)");
            $stmt->execute([$data[0], $data[1]]);
        }
    }
    fclose($handle);
}

Ou para UPDATE com uid substitua o forech:
foreach (['table1', 'table2', 'table3', 'table4', 'table5'] as $table) {
    $stmt = $pdo->prepare("UPDATE $table SET name=?, title=? WHERE uid=?");
    $stmt->execute([$data[0], $data[1], $uid]);
}

Ou melhor ainda com INSERT ou UPDATE, observe que neste caso estamos usando parâmetros nomeados.
foreach (['table1', 'table2', 'table3', 'table4', 'table5'] as $table) {
    $stmt = $pdo->prepare("INSERT INTO $table (uid, name, title) 
        VALUES (:uid, :name, :title) 
        ON DUPLICATE KEY UPDATE name=:name, title=:title");
    $stmt->bindValue('uid', $uid);
    $stmt->bindValue('name', $data[0]);
    $stmt->bindValue('title', $data[1]);
    $stmt->execute();
}

SQL para table1 .. table5
CREATE TABLE table1 (
 uid int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 name varchar(255) NOT NULL,
 title varchar(255) NOT NULL,
 PRIMARY KEY (uid)
) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=8 DEFAULT CHARSET=utf8

Observação: Quando você descrever melhor como deseja manter a exclusividade, provavelmente adicionarei algumas outras soluções. No momento o código não sabe se James, chefe do CSV é o mesmo James, chefe do DB.