Pode ser porque você está usando uma versão mais antiga do driver MySQL. Você deve tentar usar a versão mais recente.
Para obter a versão mais recente, você pode verificar https://mvnrepository.com/artifact/ mysql/mysql-connector-java
A partir de agora, a versão mais recente é 8.0.11. Você pode baixá-lo aqui ou adicione isso ao seu
pom.xml :<dependency>
<groupId>mysql</groupId>
<artifactId>mysql-connector-java</artifactId>
<version>8.0.11</version>
</dependency>
Atualizar
Após uma investigação mais aprofundada, parece que é por causa de uma alteração que foi introduzida no
MySQL 8.0.1 :
O problema que você relatou está relacionado às mudanças introduzidas no MySQL8.0.1 wrt os conjuntos de caracteres e suporte a agrupamentos, com a adição de agora ser 'utf8mb4' o conjunto de caracteres padrão. Essas alterações interromperam a maneira como o Connector/J inicializa as conexões.
Como você sabe, isso foi corrigido no Connector/J 5.1.41 e tenho certeza que você já atualizou sua biblioteca.
referência
Como mencionado acima, uma correção alternativa para o seu problema seria usar o
5.1.41 em vez de 5.1.40 . 
