Hoje em dia, eu sempre uso o InnoDB por padrão, especialmente nas tabelas de gravação intensiva que você mencionou, onde o MyISAM sofre com o bloqueio completo da tabela. Aqui está uma comparação direta.

Razões para usar o MyISAM:

• As tabelas são muito rápidas para cargas com muita seleção
• Os bloqueios no nível da tabela limitam sua escalabilidade para ambientes multiusuário com uso intenso de gravação.
• Menor consumo de espaço em disco
• Índice de texto completo
• Tabelas mescladas e compactadas.

Razões para usar o InnoDB:

• Transações de ACID
• Bloqueio de nível de linha
• Leituras consistentes – permite alcançar uma excelente simultaneidade de leitura e gravação.
• Agrupamento de chave primária – oferece excelente desempenho em alguns casos.
• Suporte de chave estrangeira.
• Tanto as páginas de índice quanto as de dados podem ser armazenadas em cache.
• Recuperação automática de falhas - caso o desligamento do MySQL não tenha sido limpo, as tabelas do InnoDB ainda - recuperam para o estado consistente - Nenhuma verificação / reparo como o MyISAM pode exigir.
• Todas as atualizações precisam passar pelo mecanismo transacional no InnoDB, o que geralmente diminui - desempenho em comparação com mecanismos de armazenamento não transacionais.

O texto acima foi retirado de este site , que parece não estar mais funcionando.