Obtenha valores do banco de dados usando PHP PDO e atualize a entrada para verificada

require("config.php"); 
if(empty($_SESSION['user']['id'])) 
{
    header("Location: index.php");
    die("Redirecting to index.php"); 
}   

$userid = $_SESSION['user']['id'];

$sql = "SELECT my_music, my_movies, my_weather, my_maps, my_news 
        FROM user_preferences 
        WHERE user_id = :userID";

$stmt = $db->prepare($sql);
$stmt->bindParam(":userID", $userid);
$stmt->execute();

$result = $stmt->fetch();

• Você vincula Params no objeto de instrução, não na conexão
• Você busca na declaração e não na conexão
• fetchAll retorna uma matriz bidimensional se você quiser ver o conteúdo, use var_dump não echo

<input id="mymusic"
       type="checkbox" 
       name="mymusic" 
       <?php echo ($result['my_music']==1 ? 'checked' : '');?>     
/>

<input id="mymovies"
       type="checkbox" 
       name="mymovies"  
       <?php echo ($result['mymovies']==1 ? 'checked' : '');?>
/>