Você pode substituir o formato durante a importação de dados do arquivo CSV, por exemplo -
LOAD DATA INFILE 'file_name.csv'
INTO TABLE table_name
FIELDS TERMINATED BY ';'
LINES TERMINATED BY '\n'
(id, column2, column3, @date_time_variable) -- read one of the field to variable
SET date_time_column = STR_TO_DATE(@date_time_variable, '%d-%b-%Y'); -- format this date-time variable
Ele irá formatar a string como '31-Jan-2011' para um tipo de dados DATETIME correto.
Mais informações aqui - Sintaxe LOAD DATA INFILE .
