É possível que você tenha algumas instruções de inserção grandes que são maiores do que o tamanho máximo. Verifique seu arquivo /etc/mysql/my.cnf ou onde quer que esteja. Não consigo lembrar qual é o padrão - mas configurá-lo para algo grande como abaixo pode ajudar.
Esta é uma opção
[mysqld]
max_allowed_packet = 16M
E talvez do outro jeito
[mysqldump]
max_allowed_packet = 16M
