Eu também tive o mesmo problema com isso, mas no Windows depois de atualizar para o MySQL 5.5 do MySQL 5.1. Eu já tentei alterar, criar e redefinir a senha mencionada em aqui , aqui , aqui e aqui , nenhuma pista. Ainda obtenho o mesmo erro:
ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Consigo conectar normalmente, mostrar todos os bancos de dados, fazer seleções e inserções, criar e adicionar usuários, mas quando se trata de GRANT, estou ferrado. Esses erros de acesso negado aparecem novamente.
Consegui resolver esse problema corrigindo os privilégios pelo seguinte comando no diretório bin/ do servidor MySQL, conforme mencionado em aqui :
C:\MySQL Server 5.5\bin> mysql_upgrade
Então, o problema foi embora. Espero que esta solução também funcione no Linux, pois geralmente o MySQL fornece o mesmo comando no Linux e no Windows.
