Eu diria que você pode inserir vários índices na propriedade indexes (mas não tive tempo de testá-lo):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Espero que isso ajude você
