Seu formato não é um formato que o analisador entende .
No seu caso
13 não é um "mês". Portanto, o analisador não entende até o momento. Você deve usar
DateTime::createFromFormat()
:$date = DateTime::createFromFormat('m-d-Y H:i:s','04-13-2018 0:00:53');
echo $date->format('Y-m-d H:i:s');
Saída:
2018-04-13 00:00:53
Observe que o formato também pode ser:
'm-d-Y G:i:s' com G for "Formato de 24 horas de uma hora sem zeros à esquerda" . 
