Adicione um índice às suas
tags coluna:ALTER TABLE `tagname`
ADD INDEX `tags_index` (`tags` ASC) ;
EDITAR:
Tente criar um segundo índice
CREATE INDEX tags_pid_index ON tagname (tags, pid);
Em seguida, modifique sua consulta para:
SELECT tags, COUNT(pid) as Num
FROM tagname
GROUP BY tags
ORDER BY Num DESC
