O usuário @smcjones menciona o uso do arquivo .my.cnf ou mysql_config_editor. Essas são boas sugestões, dou meu voto +1 para ele.
Outra solução é colocar as credenciais em qualquer arquivo de sua escolha e, em seguida, especificar esse arquivo ao invocar as ferramentas MySQL:
mysql --defaults-extra-file=my_special.cnf ...other arguments...
E finalmente, apenas para completar, você pode usar variáveis de ambiente para algumas opções, como host e senha. Mas estranhamente, não o usuário. Consulte http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.7/en/environment-variables.html
export MYSQL_HOST="mydbserver"
export MYSQL_PWD="Xyzzy"
mysql ...other arguments...
Eu realmente não recomendo usar uma variável de ambiente para a senha, pois qualquer pessoa que possa executar
ps em seu host cliente pode ver as variáveis de ambiente para o processo do cliente mysql. 
