Eu também corri para o
problema usando o seguinte comando
mysqlcheck -u root -p --auto-repair -c -o --all-databases
O que eu fiz, e é porque eu sou preguiçoso lol, foi rodar tudo separadamente e usei o
-r
para reparo em vez de --auto-repair
mysqlcheck -u root -p -r --all-databases
mysqlcheck -u root -p -c --all-databases
mysqlcheck -u root -p -o --all-databases