Eu estava tendo exatamente esse mesmo problema. Executando o
kill
comando mataria o processo, mas no meu caso continuaria aparecendo novamente com um ID de processo diferente. A única maneira que eu poderia descobrir como pará-lo para sempre foi esta:
sudo stop mysql
Espero que ajude.
Fonte:http://www.itfromscratch.com/ how-to-stop-the-percona-mysql-server/