Eu definitivamente iria para um ORM, pelo menos se você estiver trabalhando em um grande projeto, para o qual você não deseja usar mysqli_* ou funções/métodos PDO diretamente -- Doutrina sendo o mais desenvolvido/usado, atualmente (É o ORM padrão do symfony Framework, e pode ser integrado no Zend Framework com bastante facilidade) .

Sobre o E_DEPRECATED erros, no entanto:PHP 5.3 é bastante jovem, e muitas bibliotecas/software/projetos ainda não foram adaptados -- você provavelmente terá muitos deles nos próximos meses :-(