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Caixa de seleção de formulário PHP e índice indefinido


Você poderia escrever uma função que verifica se uma caixa de seleção foi marcada:
function checkbox_value($name) {
    return (isset($_POST[$name]) ? 1 : 0);
}

Agora chame essa função em sua consulta assim:
$sql =  'UPDATE table SET '.
        'checkbox1 = '. checkbox_value('checkbox1') .','.
        'checkbox2 = '. checkbox_value('checkbox2') .','.
        'checkbox3 = '. checkbox_value('checkbox3') .','.
        'checkbox4 = '. checkbox_value('checkbox4') .','.
        'checkbox5 = '. checkbox_value('checkbox5') .','. "LIMIT 1";