Se a versão do cliente/servidor do MySQL for 5.6.x, uma maneira de evitar a mensagem de AVISO é usar o mysql_config_editor Ferramentas:
mysql_config_editor set --login-path=local --host=localhost --user=username --password
Então você pode usar em seu script de shell:
mysql --login-path=local -e "statement"
Ao invés de:
mysql -u username -p pass -e "statement"
