Use ALTER TABLE+ADD CONSTRAINT. Por exemplo. se você quiser vincular membros e perfis de tabelas por member_id e excluir perfis em cascata cada vez que o membro for excluído, você pode escrever algo assim:
ALTER TABLE profiles
ADD CONSTRAINT `fk_test`
FOREIGN KEY (`member_id` )
REFERENCES `members` (`member_id` )
ON DELETE CASCADE
Se você precisar atualizar essa restrição - você terá que removê-la e, em seguida, criar novamente, não há uma maneira direta de alterá-la.
ALTER TABLE profiles DROP FOREIGN KEY `fk_test`
