A melhor maneira de fazer isso seria
mysqldump.exe --user=YourUserName --password=YourPassword --host=localhost --port=3306 --result-file="Path\dump.sql" --databases "DatabaseName1" "Database2"
mysqldump.exe --user=root --password=root --host=localhost --port=3306 --result-file="c:\www\db\backup.%date:~10,4%%date:~7,2%%date:~4,2%.sql" --default-character-set=utf8 --single-transaction=TRUE --databases "dbtest1" "dbtest2"
O padrão
backup.%date:~10,4%%date:~7,2%%date:~4,2%.sql
criará um nome exclusivo (backup20131010.sql
) cada vez que ele for executado Agora você só precisa chamar esse comando no seu agendador de tarefas. É isso. :)