Eu acredito fortemente que você não está obtendo valores duplicados, mas alguns valores quase idênticos (talvez 1 caractere diferente). Devido ao fato de que o primeiro bloco do UUID é gerado a partir do timestamp em milissegundos, isso significaria que as funções são executadas no mesmo milissegundo (você está executando em um super computador?), o que, para ser sincero, é altamente improvável. Se você estiver realmente obtendo duplicatas, execute duas consultas SELECT uuid() separadas e use os valores retornados na consulta desejada