parece que sua conexão MySQL está expirando após um longo período de inatividade, aposto que isso não acontecerá se você estiver constantemente consultando seu banco de dados com as configurações existentes. Existem algumas configurações nos lados MySQL e sql que devem resolver esse problema:
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verifique opool_recycledo seu mecanismo SQLa valor, tente valor diferente / menor, por exemplo 1800 (segundos). Se você estiver lendo as configurações do banco de dados do arquivo, defina-o como
pool_recycle:1800
caso contrário, especifique-o durante a inicialização do motor, por exemplo.
from sqlalchemy import create_engine
e = create_engine("mysql://user:[email protected]/db", pool_recycle=1800)
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verifique/modifique seuwait_timeoutVariável MySQL, consulte https://dev .mysql.com/doc/refman/5.6/en/server-system-variables.html#sysvar_wait_timeout que é o número de segundos que o servidor espera pela atividade em uma conexão não interativa antes de fechá-la. por exemplo.
mostre variáveis globais como 'wait_timeout';
encontre uma combinação que funcione para o seu ambiente.
