Você pode alternar a cláusula LIMIT adicionada por MySQL Workbench através da guia SQL Editor dentro das preferências do aplicativo (menu Editar -> Preferências...).

Simplesmente desmarque a opção "Limitar Linhas" na seção Resultados da Consulta, conforme ilustrado abaixo.



EDITAR:

No Workbench 6.0, a caixa de seleção "Limit Rows" fica na guia "SQL Queries" (nova guia do mesmo formulário).