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JPA EclipseLink DatabaseException:'tabela foo.SEQUENCE não existe'


Para mysql Eu recomendo que você siga:

Na sua mesa messages no campo id adicionar declaração auto_increment :
create table messages(
...
id  int not null auto_increment,
...
primary key (id)
)

Na declaração de entidade use
@Id
@GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY)
private int id;   

Esta conversa com o JPA usa o recurso de incremento automático do MySQL

Se não for aplicável (por exemplo, você pode querer criar outra entidade relacionada na mesma transação) use a estratégia TABLE (para mais detalhes veja http://www.objectdb.com/java/jpa/entity/generated )