Crie uma tabela temporária (contendo apenas os valores value1 e value2) e preencha-a em massa (ou seja, você pode fazer isso com uma única instrução de inserção). Em seguida, faça uma atualização usando uma junção entre sua tabela existente e a tabela temporária.
Algo como
INSERT INTO SomeTempTable(id, some_id)
VALUES (1,2), (3,4), (5,6), .......
UPDATE A
INNER JOIN
SomeTempTable ON A.id = SomeTempTable.id
SET
A.some_id = SomeTempTable.some_id;