A maneira "regular" é armazenar XML em um CLOB (Character Large Object) e o MySQL suporta CLOB com 4 tipos de dados:
- TINYTEXT - Uma coluna CLOB com comprimento máximo de 255 (2**8 - 1) caracteres.
- TEXT - Uma coluna CLOB com comprimento máximo de 65.535 (2**16 - 1) caracteres.
- MEDIUMTEXT - Uma coluna CLOB com comprimento máximo de 16.777.215 (2**24 - 1) caracteres.
- LONGTEXT - Uma coluna CLOB com comprimento máximo de 4.294.967.295 ou 4 GB (2**32 - 1) caracteres.
Usar um ou outro depende de suas necessidades.