Eu resolvi este problema. A razão pela qual esse erro ocorre são as restrições de segurança do tomcat.
Você precisa adicionar a seguinte linha ao seu
$TOMCAT-CONFIG/policy.d/04webapps.policy
permission java.net.SocketPermission "127.0.0.1:3306", "connect";
Funciona para mim, espero que funcione para você também :)