Conforme escrito em Você deve mover do MyISAM para o Innodb ? (que é bem recente):

Então, sobre as configurações do MySQL Innodb, o autor escreveu em Innodb Noções básicas de otimização de desempenho :

Só para constar, as pessoas por trás do mysqlperformanceblog.com fizeram um benchmark comparando Falcon, MyISAM e InnoDB. O benchmark deveria realmente destacar o Falcon, exceto que foi o InnoDB que ganhou o dia, superando o Falcon e o MyISAM em consultas por segundo para quase todos os testes:InnoDB vs MyISAM vs Falcon benchmarks – parte 1 .