Eu tive o mesmo problema e para peewee usando MySQLdb eu obtive a seguinte solução ao inicializar a instância do banco de dados MySQL:
db = MySQLDatabase(db_name, user=db_username, passwd=db_password, host=db_host, port=db_port)
db.get_conn().ping(True)
onde para a função ping existe:
no
db.get_conn().ping.__doc__ . Lembre-se de que db.get_conn().ping(True) deve ser usado se você criar outra conexão novamente. Então, se você reconectar (através de db.connect() por exemplo) você deve repetir o ping. 
