Uma solução muito simples seria algo como (primeiro exemplo):http://www.php-mysql-tutorial.com/wikis/mysql-tutorials/using-php-to-backup-mysql-databases.aspx

Naturalmente, isso fará apenas um despejo de dados da tabela.

O que você pode fazer é usar este código:

http://snipplr.com/view/173/mysql-dump/

O que esse código faz é realmente obter uma descrição da tabela (ou seja, sua estrutura), criar todas as tabelas e enviar dados. praticamente como qualquer outra ferramenta faz.

Então é apenas uma questão de salvá-lo da string para um arquivo (file_put_contents() por exemplo ou algo semelhante, dependendo da sua preferência e necessidade)