Isso pode ser executado diretamente no cmd (eu envolvi a linha, mas não deve ser envolto):
mysql.exe -uroot -p1234 -s -N -e "SHOW DATABASES" |
for /F "usebackq" %D in (`findstr /V "information_schema performance_schema"`)
do mysqldump %D -uroot -p1234 > S:\Backup\MySQL\%D.sql
Em um arquivo em lote, você precisará escapar % com um % adicional, ou seja, use
%%D . Arquivo em lote
mysql.exe -uroot -p1234 -s -N -e "SHOW DATABASES" |
for /F "usebackq" %%D in (`findstr /V "information_schema performance_schema"`)
do mysqldump %%D -uroot -p1234 > S:\Backup\MySQL\%%D.sql
