Acho que Jeff Atwood acertou em cheio em 2004 em relação a procs armazenados:

Quem precisa de procedimentos armazenados, afinal?

Tendo usado extensivamente procedimentos armazenados e SQL dinâmico, definitivamente prefiro o último:mais fácil de gerenciar, melhor encapsulamento, sem BL na camada de acesso a dados, maior flexibilidade e muito mais. Praticamente todos os principais projetos PHP de código aberto usam SQL dinâmico sobre procs armazenados (veja:Drupal, Wordpress, Magento e muitos mais).

Esta conversa parece quase arcaica:obtenha um bom ORM , pare de se preocupar com seu acesso a dados e comece a criar aplicativos incríveis.