Você pediu uma resposta de ferramenta ou aplicativo, mas o que você realmente precisa é de uma resposta de processo. O tema subjacente aqui é que você deve versionar seu banco de dados DDL (e DML, quando necessário) e fornecer scripts de alteração para poder atualizar qualquer versão de seu banco de dados para uma versão superior.

Este conjunto de links fornecidos por Jeff Atwood e escritos por K. Scott Allen explicam em detalhes como isso deve ser - e eles fazem isso melhor do que eu posso escrever aqui:http://www.codinghorror.com/blog/2008/02/get-your -database-under-version-control.html