Vá em Editar -> Preferências -> Editor SQL e lá você verá:
DBMS connection keep-alive interval (in seconds): 600
DBMS connection read time out (in seconds): 600
DBMS connection time out (in seconds): 60
O intervalo de manutenção da conexão DBMS significa com que frequência o Workbench envia solicitações de manutenção ao servidor para manter a conexão ativa.
Desde 5 minutos ==300 segundos, defina o intervalo de manutenção da conexão DBMS <300 (por exemplo, 250)
Significará "enviar solicitação de manutenção de atividade a cada 250 segundos". Clique OK.
Em seguida, saia do MySQL Workbench e reinicie-o para que as alterações tenham efeito.
Se você usar o método de conexão TCP/IP padrão sobre SSH, também pode ser útil configurar o ssh ServerAliveInterval.
