EDITAR: Primeiro verifique, se você não ficou sem espaço em disco, antes de resolver a resolução relacionada à configuração.
Você parece ter um tamanho máximo muito baixo para seu
innodb_data_file_path em seu my.cnf , Neste exemplo innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend:max:512M
você não pode hospedar mais de 512 MB de dados em todas as tabelas innodb combinadas.
Talvez você deva mudar para um esquema innodb-per-table usando
innodb_file_per_table . 
