A melhor maneira, programaticamente falando, é coletar dados de INFORMATION_SCHEMA.KEY_COLUMN_USAGE tabela da seguinte forma:
SELECT
`TABLE_SCHEMA`, -- Foreign key schema
`TABLE_NAME`, -- Foreign key table
`COLUMN_NAME`, -- Foreign key column
`REFERENCED_TABLE_SCHEMA`, -- Origin key schema
`REFERENCED_TABLE_NAME`, -- Origin key table
`REFERENCED_COLUMN_NAME` -- Origin key column
FROM
`INFORMATION_SCHEMA`.`KEY_COLUMN_USAGE` -- Will fail if user don't have privilege
WHERE
`TABLE_SCHEMA` = SCHEMA() -- Detect current schema in USE
AND `REFERENCED_TABLE_NAME` IS NOT NULL; -- Only tables with foreign keys
Há mais informações de colunas, como ORDINAL_POSITION que pode ser útil dependendo do seu propósito.
Mais informações: http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/key-column-usage-table.html