Eu tinha o MySQL EF6 e Migrations funcionando quando tudo estava em um projeto MVC. Eu o dividi em camadas (Core[Interfaces/Entitites], Data, Services e Web) e comecei a receber o mesmo erro que Loren mencionou.
Descobri que não estava pegando a string de conexão do aplicativo MVC. Acontece que tudo que eu tinha que fazer era recriar a string de conexão dentro do App.config no meu projeto de dados (onde o DbContext e os mapeamentos residem).
Estes são os passos que dei para fazer tudo funcionar:
Etapa 1) Use o NuGet para importar MySql.Data.Entities (a versão atual deste post é 6.8.3.0)
Etapa 2) Adicione o seguinte a App.config e/ou Web.config :
<connectionStrings>
<add name="MyDB" providerName="MySql.Data.MySqlClient" connectionString="Data Source=localhost; port=3306; Initial Catalog=mydb; uid=myuser; pwd=mypass;" />
</connectionStrings>
<entityFramework>
<defaultConnectionFactory type="System.Data.Entity.Infrastructure.SqlConnectionFactory, EntityFramework" />
<providers>
<provider invariantName="System.Data.SqlClient" type="System.Data.Entity.SqlServer.SqlProviderServices, EntityFramework.SqlServer" />
<provider invariantName="MySql.Data.MySqlClient" type="MySql.Data.MySqlClient.MySqlProviderServices, MySql.Data.Entity.EF6, Version=6.8.3.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=c5687fc88969c44d"></provider>
</providers>
</entityFramework>
Etapa 3) Configure seu DbContext para usar o MySql:
using MyApp.Core.Entities.Directory;
using MyApp.Data.Mapping;
using System.Data.Entity;
namespace MyApp.Data
{
[DbConfigurationType(typeof(MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration))]
public class MyContext : DbContext
{
public MyContext() : this("MyDB") { }
public MyContext(string connStringName) : base(connStringName) {}
static MyContext ()
{
// static constructors are guaranteed to only fire once per application.
// I do this here instead of App_Start so I can avoid including EF
// in my MVC project (I use UnitOfWork/Repository pattern instead)
DbConfiguration.SetConfiguration(new MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration());
}
public DbSet<Country> Countries { get; set; }
protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
{
// I have an abstract base EntityMap class that maps Ids for my entities.
// It is used as the base for all my class mappings
modelBuilder.Configurations.AddFromAssembly(typeof(EntityMap<>).Assembly);
base.OnModelCreating(modelBuilder);
}
}
}
Etapa 4) Defina o projeto padrão para seu projeto de dados no console do gerenciador de pacotes
Etapa 5) Use
enable-migrations , add-migration , update-database como você faria normalmente 
