A classe de upload de arquivos do CodeIgniter fará isso para você. A entrada em seu guia do usuário explica tão bem quanto eu poderia, então eu vou apontar você lá.

Essencialmente, você só precisa modificar o controlador que eles têm para incluir um pouco onde você coloca o URL do arquivo no banco de dados, o que você pode fazer facilmente usando $this->upload->data() e extraindo [full_path] da matriz resultante e, em seguida, enviá-la para um modelo que trata a entrada do banco de dados.